Tractografía

Para realizar una tractografía, el proceso general consiste en definir una región de inicio, generar las líneas de corriente (streamlines) y finalmente filtrar los resultados para aislar los tractos de interés.

1. Delimitar la Región de Interés (ROI)

El primer paso es delimitar una Región de Interés (ROI), que es el área anatómica de donde partirán o por donde pasarán los streamlines (líneas de corriente de difusión).

La segmentación del área deseada se puede realizar con diversas herramientas de visualización, como:

• MRtrix: mrview

• Freesurfer: freeview

• FSL: fslview

Note

A esta ROI inicial se le denomina comúnmente semilla (seed), dado que de aquí nacerán todos los streamlines del análisis.

Puedes encontrar un tutorial detallado para dibujar ROIs en mrview en este enlace.

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2. Generación de Streamlines (Siembra)

Una vez que el área de la semilla está bien delimitada, se procede a generar la tractografía con el comando tckgen.

tckgen <input_DWI> <output_tracts.tck> -seed_image <roi_semilla.mif> [OPTIONS]

¡Ahora sí tenemos nuestro primer resultado de la tractografía! 🥳

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3. Filtrado o Disección Virtual

A menudo, el resultado inicial contiene muchas fibras que no son de nuestro interés. Para solucionar esto, se realiza una disección virtual, que consiste en filtrar los resultados para refinar el tracto.

Este proceso se realiza con el comando tckedit, que permite incluir o excluir otras regiones anatómicas para aislar el tracto deseado.

Important

Para poder filtrar los streamlines, es necesario dibujar previamente las ROIs adicionales que se utilizarán para definir qué áreas incluir (-include) y qué áreas excluir (-exclude).