mni2surf

Proyectar un resultado de grupo de FEAT a la superficie de fsaverage

Para esta acción se utilizarán las herramientas del grupo de Yeo, disponibles aquí.

Requisitos

1. Nuestro resultado está en formato NIFTI, y normalizado en un espacio MNI152. 1. Tenemos freesurfer instalado y nuestra variable $FREESURFER_HOME es válida. 1. Tenemos el script CBIG_RF_projectMNI2fsaverage.sh en nuestro PATH (está colocado en $FMRILAB_SOFTARE/tools), así que no es necesario hacer nada, sólo checar. 1. Tener matlab. En estos momentos en el laboratorio, está instalado en /home/inb/soporte/fmrilab_software/MatlabR2018a/bin

Ejemplo

  • Mi carpeta feat de nivel de grupo es /misc/mansfield/lconcha/arafat/scirep/groupResults/cope1.feat, y me interesa zstat5

  • Mi carpeta para los outputs será misc/mansfield/lconcha/TMP/proj2surf

  • El comando principal es CBIG_RF_projectMNI2fsaverage.sh, y recibirá de argumentos -s el archivo nifti con los resultados que queremos ver en la superficie, -o la carpeta dónde se grabarán los outputs, y -m para la ruta de Matlab. En el fmrilab, la ruta de matlab es /home/inb/soporte/fmrilab_software/MatlabR2018a/bin. Por lo tanto, nuestro comando queda:

CBIG_RF_projectMNI2fsaverage.sh \
  -s  /misc/mansfield/lconcha/arafat/scirep/groupResults.gfeat/cope1.feat/thresh_zstat5.nii.gz  \
  -o /misc/mansfield/lconcha/TMP/proj2surf \
  -m /home/inb/soporte/fmrilab_software/MatlabR2018a/bin

Al correrlo, quedarán los siguientes outputs:

lh.thresh_zstat5.allSub_RF_ANTs_MNI152_orig_to_fsaverage.nii.gz
rh.thresh_zstat5.allSub_RF_ANTs_MNI152_orig_to_fsaverage.nii.gz

Para visualizarlo, utilizamos freeview

freeview \
 -v $SUBJECTS_DIR/fsaverage/mri/brain.mgz \
 -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.white:overlay=lh.thresh_zstat5.allSub_RF_ANTs_MNI152_orig_to_fsaverage.nii.gz \
 $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/rh.white:overlay=rh.thresh_zstat5.allSub_RF_ANTs_MNI152_orig_to_fsaverage.nii.gz

[[images/freeview_mni2surf.png|alt=mni2surf]]